穿山甲是新型冠状病毒的潜在中间宿主?专家观点不一

穿山甲是新型冠状病毒的潜在中间宿主?专家观点不一
讯(记者 李玉坤)自2月7日,华南农业大学研讨人员声称穿山甲为新式冠状病毒的潜在中心宿主之后,关于“穿山甲中心宿主论”的重视继续升温。科技部社会发展科技司司长吴远彬15日也标明,正安排有关科研团队进行证明,对新冠病毒从穿山甲到人的传达也在进一步赶紧研讨。近来,4篇与穿山甲冠状病毒相关的论文手稿宣布在生物学论文预发布渠道bioRxiv,别离是香港大学教授管轶等人的论文dentification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China(华南区域马来亚穿山甲中2019-nCoV相关冠状病毒的判定),华南农业大学教授沈永义等人论文Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins(马来亚穿山甲中新冠相似病毒的别离与判定),以及广东省生物资源运用研讨所研讨院陈金平等人的论文Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) ?(穿山甲是新冠病毒的中心宿主吗?)以及Matthew C. Wong等人在2月7日提交的Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019(冠状病毒重组的依据标明新冠病毒来历于穿山甲)。我国的三篇论文都剖析了从穿山甲身体发现的冠状病毒与人类盛行的新冠病毒的基因序列相似性,管轶和沈永义的论文以为穿山甲有很大或许是新冠病毒的中心宿主,陈金平的论文则提出了一些疑点。此外,一些专家也在线发文,提出了自己的观点。依据1:穿山甲冠状病毒和新冠病毒9成相似华南农大在2月7日的发布会时称,通过对病毒的基因组剖析,发现从穿山甲身上别离的冠状病毒病毒株与现在感染人的毒株序列相似度高达99%。但从近来提交的论文来看,研讨者从多个样本中取得了一个挨近完结的冠状病毒基因组(29,578 bp),其间E、M、N和S基因中别离与2019-nCoV(新冠病毒)表现出100%, 98.2%,96.7%和90.4%的氨基酸同一性。S,E,M和N4个基因的长度别离为3798、228、669和1260 bp(碱基对),以此来看,也并非全基因序列上到达了99%。华南农大的论文指出,在全基因组序列剖析中,穿山甲冠状病毒基因组在整个基因组中与人类新冠病毒和一株蝙蝠SARS相关冠状病毒(Bat SARSr-CoV RaTG13)十分相似,除S基因外,序列同一性在80%至98%之间。管轶论文中,估测穿山甲冠状病毒基因组与新冠病毒有85.5%至92.4%的相似性。陈金平等人的研讨显现,穿山甲冠状病毒和新冠病毒之间的核苷酸序列同一性为90.23%,单个蛋白的序列同一性最高可达100%。穿山甲冠状病毒和蝙蝠SARS相关冠状病毒(Bat SARSr-CoV RaTG13)之间的核苷酸序列相似性为90.15%。三组研讨的定论都能证明,穿山甲冠状病毒与新冠病毒和一组蝙蝠冠状病毒遗传相关。依据论文阐明,记者发现,三组研讨所运用的穿山甲并非彻底同一批,但广东部分来自同一批海关缉私举动。华南农业大学从2019年3月至12月从野生动植物救援中心搜集的四只中华穿山甲 (Manis pentadactyla)和25只马来亚穿山甲(Manis javanica)取得了肺安排,但中华穿山甲的样本没有能够扩增。管轶研讨的穿山甲样品,大部分是2017年8月至2018年1月广西海关在反私运举动中取得的。依据2二者的受体结合域十分相似华南农大的论文特别指出,穿山甲冠状病毒的S蛋白的受体结合结构域实际上与人类新冠病毒的S蛋白受体结构域相同,场所具有一个氨基酸差异。陈金平等人的论文解说,冠状病毒的S蛋白通过受体结合域(RBD)与宿主受体结合,并在引发病毒感染和确认宿主嗜性中起重要作用。从前的研讨标明,新冠病毒,SARS病毒和蝙蝠中发现的冠状病毒具有相似的受体结合域,标明它们都运用相同的受体ACE2,与MERS病毒的受体结构域不同。“咱们的剖析标明,穿山甲冠状病毒与这三种病毒的受体结合域更共同,这标明穿山甲CoV很或许运用ACE2作为受体。另一方面,ACE2受体存在于穿山甲中,与人体内的基因同源物序列高度共同。可是,尚不清楚这种穿山甲冠状病毒的人畜共患病状况。”陈金平等人在论文中剖析。论文具体剖析,通过对在人类、穿山甲、果子狸、蝙蝠这4种动物中发现的SARS相关冠状病毒的S蛋白进行比较剖析,SARS病毒的S蛋白的受体结合域能够有效地结合人和果子狸的ACE2,别的,它好像能够结合穿山甲的ACE2, 蝙蝠毒株(Bat-CoV-RaTG13)也是如此。 相反,新冠病毒和穿山甲冠状病毒的S蛋白或许仅辨认人和穿山甲的ACE2。 因而,人和穿山甲的ACE2或许能够辨认一切四种SARS相关冠状病毒的S蛋白,而果子狸的ACE2只能可靠地辨认SARS病毒和蝙蝠冠状病毒(Bat-CoV-RaTG13)的S蛋白。管轶等人也在论文中剖析,受体结合域方面,新冠病毒与广东穿山甲中发现的冠状病毒表现出十分高的序列相似性。Joe Petrosino课题组的成员Matthew Wong21天前就在病毒学网站上发帖称,武汉新冠病毒株的刺突蛋白(spike protein,或许翻译为长钉蛋白、穗蛋白,便是冠状病毒的“皇冠尖”,文中所说的受体结合域就在刺突蛋白上,担任和受体结合,让病毒进入细胞。——记者注)总体上更挨近蝙蝠病毒株(RaTG13),这或许是因为穿山甲冠状病毒的S蛋白的某个亚结构域十分不同,可是从某一部分( S1-CTD )开端,武汉株新冠病毒和穿山甲冠状病毒受体结合结构域十分相似,大约97%。Matthew Wong等人的论文显现,重新冠病毒的受体结合域组成看,蝙蝠株病毒(RaTG13)基因组仅同享参加受体结合基序的五个要害氨基酸中的一个,而穿山甲冠状病毒则同享一切五个要害残基。 好像在穿山甲中发现的冠状病毒株与蝙蝠病毒株之间的重组中发生了新冠病毒的受体结合域。可是管轶等人并不倾向于发生了重组,而是以为发生了趋同进化。依据3穿山甲冠状病毒具有感染人类的潜力尽管陈金平团队的研讨数据不支持直接从穿山甲冠状病毒演化而成新冠病毒,但这项研讨标明穿山甲是Beta冠状病毒(SARS/新冠病毒都归于这一类——记者注)的天然宿主,具有感染人类的潜力。研讨显现,从两个不同的海关在不同的日期截获的两批穿山甲中检测到的冠状病毒的基因组序列都与蝙蝠冠状病毒有关。尽管不清楚这两批私运的穿山甲是否是来自同一区域,但能够标明穿山甲是βeta冠状病毒的天然宿主,或许与穿山甲共生。陈金平等人研讨中检测到的悉数三只穿山甲都被Beta冠状病毒感染,病况很重,患有严峻的呼吸道疾病,现在尚不清楚该冠状病毒是否为常见病毒穿山甲呼吸道中的菌群,这种冠状病毒对穿山甲的发病机理仍有待研讨。陈金平等人以为,他们的研讨结果不能避免其他冠状病毒或许在穿山甲中传达,对穿山甲中冠状病毒的很多监测能够增进人们对穿山甲中冠状病毒谱的了解。维护野生生物和约束人类和野生生物的吊销,才能将冠状病毒从野生动物传达给人类的危险降到最低。赵素文也谈到,穿山甲在野外基本是茕居的,即便患病,也不易引发大盛行。而活穿山甲在私运进程中,常常多只一同私运,因为环境恶劣,很容易得肺病并相互感染,所以穿山甲冠状病毒具有在被私运的穿山甲集体中长期盛行的条件。疑点1中心宿主相似性比原生宿主低?但记者发现,9成左右的相似,远低于新冠病毒与在蝙蝠身上发现的冠状病毒相似性。中科院武汉病毒研讨所及华中农业大学研讨证明,新冠病毒与一个云南的蝙蝠样本中发现的冠状病毒相似度高达96%。(即上文所述的Bat-CoV-RaTG13,该蝙蝠定居在距武汉近2000公里的云南省)与SARS病毒的传达比较,这种状况不太合理。2017年,我国科学院武汉病毒研讨所确认了SARS病毒的原生宿主是菊头蝠,此前以为的果子狸场所中心宿主。基因测序发现,果子狸体内检测到的SARS相关冠状病毒,与人群中盛行的 SARS 病毒全基因组序列的共同性到达99.8%,两者高度相关。一株蝙蝠冠状病毒全长基因组测序证明,与能够感染人和果子狸的SARS冠状病毒,基因组序列相似度为92%。上海科技大学iHuman研讨所研讨员赵素文指出,论起和新冠病毒的亲疏远近,仍是蝙蝠冠状病毒RaTG13排榜首,穿山甲冠状病毒现在屈居第二。陈金平等人在论文中则直接指出,穿山甲冠状病毒与新冠病毒之间存在高度序列相似性,可是,系统发育剖析不支持直接从穿山甲冠状病毒中发生的冠状病毒。疑点2新冠病毒特有的Furin蛋白酶切位点Matthew Wong此前现已提到了,穿山甲冠状病毒和新冠病毒的受体结合域十分相似,但新冠病毒多了一个Furin蛋白酶切位点。南开大学高山等人2020年2月2日提交在中科院预印本ChinaXiv网站的论文手稿《武汉2019冠状病毒S蛋白或许存在Furin蛋白酶切位点》在国际上初次报导一个重要的变异,这个变异引入了一个可供 Furin蛋白酶切的位点,是此前一切发现的 SARS 和 SARS相似(SARS-like)冠状病毒所不具有的,这种变异有或许增强了武汉2019冠状病毒的传达才能。作者称,在前期工作基础上,无意间发现了武汉2019冠状病毒基因组或许存在Furin蛋白酶切位点。这一发现暗示了武汉2019冠状病毒或许在感染途径上与SARS冠状病毒有较大差异,该病毒或许采用了HIV、鼠肝炎冠状病毒等其他病毒的包装机制,而不同于SARS等其他大部分Beta冠状病毒,因为包装机制的改动,武汉2019冠状病毒 S 蛋白取得了更高的侵染细胞的功率,这或许是其传达才能大于 SARS 冠状病毒的一个原因。此外,一些禽流感病毒也能够通过骤变取得一个 Furin蛋白酶切位点,以进步其侵染细胞的功率。宾夕法尼亚大学医学院微生物学系副研讨员李懿泽对此有过谈论,他以为新冠病毒比其他亲缘近的病毒多了Furin切开位点,它的受体结合区与全体基因组亲缘更近蝙蝠冠状病毒的相似度还不如全体亲缘更远的穿山甲冠状病毒,假如彻底通过天然进化取得这些独特性,十分难以想象。赵素文也以为,穿山甲冠状病毒的刺突蛋白,不像新冠病毒那样有Furin酶切位点的加持。重新闻报导中的图片能够看到,广东的专家们在参加穿山甲救治时仅戴了手套,没有口罩,没有护目镜,更没有防护服,而咱们知道广州并没有爆发疫情,明显这种穿山甲病毒,并没有新冠病毒那么具有感染性。从入境就被截获这一点来看,能够估测这批穿山甲应该入境前(越南)就携带上冠状病毒了。管轶团队从广西海关截获的多批穿山甲样本里也检测到了相似的冠状病毒,也证明了这一点。惋惜:华南商场没有动物采样尽管最开端武汉不明原因的肺炎的源头指向华南海鲜商场,可是最近的研讨成果越来越不支持这一定论。中科院西双版纳热带植物园副研讨员郁文彬等人的论文根据全基因组数据解码新式冠状病毒进化和传达剖析,与华南海鲜商场有相关的患者样品都是一个单倍型(而且不是最陈旧的单倍型)及其衍生的单倍型,现在样本中呈现了只要一个来自武汉,与华南商场没有联络,这种单倍型在其他国家和区域的样本中呈现,乃至部分国家新冠病毒单倍型在武汉的取样中没有发现。他们剖析,最早或许于上一年11月中下旬,受感染的人很或许将新冠病毒传达给商场上的工人或卖家,然后敏捷在商场上流转。不过,华南商场出售野生动物的商铺阳性样本会集,在1月1日商场被责令休市前后,商铺的老板也有多例确诊。中疾控病毒病所音讯显现,他们于1月1日上午8时赴华南海鲜城,针对病例相关商户及相关街区会集收集环境样本515份,1月12日,病毒病所专家再次在华南海鲜商场收集野生动物贩卖商铺相关标本70份。这585份环境样本中,检测到33份样品含有新式冠状病毒核酸,并成功在阳性环境标本中别离病毒,提示该病毒来历于华南海鲜商场出售的野生动物。中疾控陈述称,华南海鲜商场西区存在野生动物买卖,尤其是西区的七街和八街接近商场内部的区域存在多家野生动物买卖商铺,而这一区域的阳性标本也比较会集,占悉数阳性样本的42.4%(14/33)。综上所述,高度置疑此次疫情与野生动物买卖有关。惋惜的是,从现在的报导来看,相关组织只取了环境样本,并没有对动物取样,商场现现已过屡次消毒。对此,管轶承受媒体采访时标明,华南海鲜商场封掉、洗地,“犯罪现场”都没了,很难破案。他标明,追溯动物源是个比较复杂的进程,不或许随意找到一个带有病毒的动物就把它归咎是首恶。陈金平等人也在论文中指出,操控疾病传达的重要一点是确认新冠病毒的动物来历。在武汉这个生鲜商场(wet market)中,环境样本陈述了高病毒载量。可是,在这个商场上出售了各种动物,包含一些野生动物,而且数量和品种都十分动态,尚不清楚哪个动物开端了榜初次感染。记者李玉坤修改 周博华 校正何燕

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